Thái hậu cho Trần Tự Khánh là kẻ phản trắc, thường chỉ tay vào mặt ngự nữ Trần Thị Dung mà nói là bè đảng của giặc, bảo vua đuổi đi, lại sai người bắt ngự nữ phải tự sát (Theo ĐVsktt). Ngự nữ nói với vua rằng:

- Thiếp ơn nhờ được hoàng thượng yêu dấu, dẫu thịt nát, xương mòn cũng chưa báo được ân tri ngộ. Nay vì anh thiếp mà hoàng thượng gặp bước gian nan. Thái hậu muốn giết, thiếp xin đành chịu không oán thán gì. Chỉ thương nỗi trong mình thiếp đang mang giọt máu của hoàng thượng. Nó có tội tình gì mà cũng phải chết oan.

Huệ Tông lúc ấy mới biết ngự nữ có thai, liền phong làm Thuận Trinh phu nhân. Thái hậu nghe nói Thuận Trinh phu nhân đang mang thai, càng muốn giết lắm, sai người bỏ thuốc độc vào thức ăn của phu nhân nhưng nhà vua phát hiện ra. Mỗi bữa nhà vua sẻ nửa phần ăn của mình, cho phu nhân ngồi cùng ăn và giữ luôn phu nhân bên cạnh. Từ đấy phu nhân dẫu không yêu nhà vua nhưng cũng cảm kích vì sự bao dung che chở đó.

Đầu tháng sáu năm Kiến Gia thứ sáu (Bính Tí-1216), phu nhân sắp sinh, thái hậu sai người đem chén thuốc độc đến, bắt phu nhân phải chết. Vua lại ngăn không cho, đêm ấy cùng phu nhân trốn theo quân của Trần Tự Khánh. Đi suốt đêm nên phu nhân mệt, lại bụng mang dạ chửa, đến sáng không thể đi tiếp được nữa, hỏi dân mới biết đất ấy là huyện Yên Duyên. Vua gọi người đưa đường đến nhà tướng quân Lê Mịch xin ở nhờ. Tướng quân Lê Mịch nói:

- Thần không biết xa giá hoàng thượng tới, chậm đón tiếp, mong hoàng thượng xá tội.

Huệ Tông bảo:

- Khanh có tội gì đâu mà xá, cho trẫm ở nhờ đây là tốt lắm rồi.

Lê Mịch nói:

- Thần là con dân của hoàng thượng. Sao hoàng thượng lại nói là ở nhờ ? Thần thật đắc tội.

Nói rồi Lê Mịch sai gia nhân giết dê, mổ lợn thết đãi nhà vua và những người tuỳ tòng, đồng thời phái người đến trại quân của Trần Tự Khánh thông báo. Trần Tự Khánh liền cử tướng Vương Lê đem binh thuyền đi đón. Nhà vua từ giã tướng quân Lê Mịch, đem phu nhân lên thuyền Vương Lê mà đi. Thuyền đi đến bãi Cửu Liên thì phu nhân kêu đau bụng dữ dội. Hoá ra phu nhân vì chạy trốn vất vả nên trở dạ đẻ. Vua liền hạ chỉ cho đỗ thuyền ở bến Cửu Liên, sai người đi tìm bà đỡ và truyền cho Trần Tự Khánh đến chầu. Đêm ấy phu nhân sinh trưởng nữ, sau này phong là công chúa Thuận Thiên.

Trần Tự Khánh cùng anh là Trần Thừa hộ giá nhà vua về kinh đô. Tháng mười hai năm ấy vua phong Thuận Trinh phu nhân làm hoàng hậu, phong Trần Tự Khánh làm thái uý phụ chính, phong Trần Thừa làm nội thị phán thủ. Trần Thủ Độ giữ chức điện tiền chỉ huy sứ. Trần Tự Khánh cùng với thượng tướng quân Phan Lân, xếp đặt quân ngũ, chế tạo khí giới, rèn luyện binh lính. Dần dần thế quân phấn chấn lên nhiều.

Trước đây Trần Thừa lấy vợ là Lê Thị, sinh con trai, đặt tên là Trần Liễu (1210). Lúc đón được vua và phu nhân, anh em họ Trần hộ giá về kinh, được phong quan tước, Trần Thừa cho người về quê đón mẹ và vợ con lên kinh đô để gia đình đoàn tụ. Mùa hạ năm Kiến Gia thứ Tám (Mậu Dần-1218), Lê Thị - vợ Trần Thừa - sinh con trai thứ hai, đặt tên là Trần Cảnh. Trần Cảnh mắt sáng, mặt vuông, tai dài, khi mới sinh, có đám trẻ tụ tập trước cổng hát rằng:

Cành liễu leo cột phía Đông

Mận tàn hạt lép còn mong nỗi gì

Câu hát ấy sau này ứng vào điềm Trần Cảnh lên ngôi vua, nhà Trần thay nhà Lý. Chữ Trần gồm chữ liễu bám sát một nét sổ, bên cạnh là chữ Đông. Chữ Đông còn có ý nói họ Trần dấy nghiệp từ phía Đông. Mận chỉ chữ Lý, họ Lý. Mận tàn hạt lép chỉ nhà Lý đã suy tàn, vua không có con trai. Năm Trần Cảnh lên ba tuổi, có ông lão ăn mày đi qua, trông thấy Cảnh đang chơi ở sân, liền nói:

- Cậu bé này có tướng cực quí, hẳn trứng rồng đã nở rồi đây.

Cha Cảnh thấy lạ, cho người ra mời nhưng ông lão đã đi đằng nào rồi.

Việc phong Thuận Trinh phu nhân lên ngôi hoàng hậu và anh em họ Trần nắm giữ quyền bính khiến mâu thuẫn giữa thái hậu và hoàng hậu càng thêm gay gắt. Nhà vua buồn rầu, cùng bọn cung nữ ra chơi vườn ngự uyển. Lúc ấy đang là mùa đông, tháng chạp, gió lạnh thổi hun hút. Vì nhà vua ham chuyện ân ái nên cơ thể gầy yếu, không chịu được lạnh, ôm ngực ho một hồi dài. Bọn thị nữ vội đỡ nhà vua về cung, truyền thái y đến khám thì người vua đã nóng ran, vật vã, khát nước, đổ mồ hôi, mê sảng liên hồi. Thái y xem mạch, bốc thuốc nhưng bệnh không chuyển. Qua tết nguyên đán, bệnh tình của nhà vua ngày càng trầm trọng. Sang tháng Ba vua dần dần phát điên, có khi tự xưng là thiên tướng giáng trần, tay cầm giáo và khiên, cắm cờ nhỏ vào búi tóc, đùa múa từ sớm đến chiều mới nghỉ, đòi uống rượu, ngủ li bì đến hôm sau, quyền hành chính sự giao cả cho Trần Tự Khánh.

Tháng ba năm sau, Kiến Gia thứ tám (Mậu Dần-1218), thành Thăng Long bỗng dưng rung chuyển, vệt động đất lan dài theo hướng Đông Bắc, đến tận châu Cổ Pháp, làm núi Tiên sạt mất một góc. ít ngày sau lại có sao chổi mọc ở hướng Tây Nam. Quan chiêm tinh cho là điềm xấu, làm bản tấu dâng lên, nói:

"...Cổ Pháp là quê hương nhà Lý, Tiên sơn là nơi đức Thái Tổ hoài thai, Thăng Long là đất đế đô do Thái Tổ khổ công khởi dựng. Nay bỗng dưng ba nơi ấy đều rung chuyển, đến nỗi Tiên sơn sạt lở, lại có sao chổi mọc ở hướng Đông Nam. Thật là điềm chẳng lành cho xã tắc. Thần lấy làm lo sợ, quỳ tâu, xin hoàng thượng kíp lập đàn tràng, dâng lễ cầu đảo, để nhà Lý được lâu dài, thịnh trị..."

(ĐVsktt chép: Lý Công Uẩn người châu Cổ Pháp-Bắc Giang, mẹ họ Phạm đi chơi chùa Tiên sơn cùng người thần giao hợp có chửa sinh ra vua ngày 12 tháng 2 năm Giáp Tuất).

Trần Tự Khánh thay vua xem tấu, nói:

- Nếu đã là ý trời thì cầu đảo cũng chẳng thể làm gì được.

Các quan nghe thế rất bất bình nhưng không ai dám nói gì. Tháng chín hoàng hậu sinh thứ nữ, sau phong là công chúa Chiêu Thánh.